Po upadku ZSRR Specnaz mocno podupadł, o czym świadczyły porażki w czasie I wojny czeczeńskiej. Miano elity przejęły jednostki podporządkowane FSB, mianowicie „Alfa”, „Wympieł” czy „Zenit”, i mimo że nie są to jednostki Specnazu, to większość ich żołnierzy pochodzi właśnie z tej formacji. Początkowa "Alfa" składała się z około 30 funkcjonariuszy, znakomicie przygotowanych do działań specjalnych. W latach 80. jej liczebność powiększono do ponad 600 osób. Twórcą grupy i jej pierwszym dowódcą był pułkownik Witalij Bubieniew (wówczas major). Jednostkę podzielono na trzy pododdziały - jeden z nich (na zmianę) znajduje się zawsze w pełnej gotowości bojowej. W razie alarmu wszyscy żołnierze muszą w przeciągu godziny dotrzeć do bazy. W dyspozycji "Alfy" są samoloty i śmigłowce, dzięki którym mogą w krótkim czasie, znaleźć się w dowolnym punkcie Rosji. Od 1992 roku oddział pozostawał w wyłącznej dyspozycji prezydenta Jelcyna. Po rozpadzie KGB "Alfę" włączono do Głównego Zarządu Ochrony, skąd w lipcu 1995 roku została przeniesiona do struktury Federalnej Służby Bezpieczeństwa Rosyjskiej Federacji. Faktycznie działa tam na zasadzie pełnej autonomii, ma własne struktury analityczne oraz logistyczne. Podporządkowana jest wyłącznie dyrektorowi FSB. Wchodzi w skład sił Centrum Antyterrorystycznego wraz z tajnymi pododdziałami elitarnymi "Beta" i "Zenit".



Ten elitarny odział obecnie liczący około 250 żołnierzy zakwaterowanych w Moskwie, Jekaterynburgu, Krasnodarze i Chabarowsku, kilka razy odegrał ważną rolę we współczesnej historii Rosji. Powołano go na rozkaz szefa KGB, Jurija Andropowa, w 1974 roku jako grupę specjalną "A" i podporządkowano Ministerstwu Spraw Wewnętrznych. Swoją grecką nazwę zawdzięcza zachodnim analitykom, którzy w 1991 roku kodowe oznaczenie jednostki odczytywali zgodnie z natowskim kodem literowym - Alfa. Jednostka przygotowana jest do działań antyterrorystycznych, unieszkodliwiania szczególnie niebezpiecznych przestępców, ochrony najwyższych władz państwowych. Na terytorium kraju wykonuje tajne operacje bojowe. W czasach sowieckiej władzy brała też udział w tłumieniu buntów w więzieniach i obozach karnych podporządkowanych Ministerstwu Spraw Wewnętrznych.

Alfa rozpoczęła działania operacyjne 28 marca 1979 roku, kiedy usunęła z ambasady amerykańskiej terrorystę, byłego żołnierza Czarnomorskiej Floty, który domagał się umożliwienia wyjazdu do Stanów Zjednoczonych. Pertraktacje z nim osobiście prowadził ówczesny jej dowódca płk Gienadij Nikołajewicz Zaicew (obecnie gen. mjr), któremu jako jedynemu dowódcy formacji udało się dowodzić nią pod różną władzą - w ZSRR od 1977 do 1988 roku i w Rosji od 1992 do 1995 roku. Na międzynarodową skalę "Alfa" została użyta w 27 grudnia 1979 roku podczas szturmu pałacu prezydenta Hafizullaha Amina w Kabulu. Do tej pory akcja uznawana jest przez specjalistów wojskowych za unikalną - znajdujący się na wzgórzu pałac już natura uczyniła go niedostępnym, poza tym bronili go dobrze wyszkoleni żołnierze afgańscy. Wydawałoby się więc, że sprawa jest przesądzona. Tymczasem 22 żołnierzy "Alfy" dostało się tam w ciągu 43 minut.

Specjalistów formacji wezwano również 17 grudnia 1981 roku do odbicia 25 zakładników, uczniów szkoły średniej, których przetrzymywało dwóch żołnierzy radzieckich domagających się "wyjazdu" do Republiki Federalnej Niemiec. Sukcesem zakończyła się też operacja "Alfy" 18 listopada 1983 roku - odbicie z rąk terrorystów porwanego z Mineralnych Wód do Turcji samolotu Tu-134 z 57 pasażerami na pokładzie.
W ZSRR i Rosji elitarna jednostka antyterrorystyczna ujawniła się w trzech ważnych misjach politycznych: opanowania wieży telewizyjnej w Wilnie w styczniu 1991 roku, szturmie na broniony przez Borysa Jelcyna Parlament Republiki Rosyjskiej w sierpniu 1991 roku oraz zdobycia tego samego budynku bronionego tym razem przez wiceprezydenta Aleksandra Ruckoja w październiku 1993 roku. Wtedy to około 180 żołnierzy jednostek antyterrorystycznych "Alfa" i "Wimpieł" weszło do Białego Domu i negocjowało poddanie się Chasbułatowa, Barannikowa i Aczałowa. Kilka specjalnych oddziałów Ministerstwa Bezpieczeństwa znalazła się przed budynkiem, ale ich rola była tu minimalna. Po raz pierwszy w historii Rosji od 1917 roku oddziały armii i milicji wykorzystano w wewnętrznej walce o władzę. W przeszłości, na przykład w 1953 roku, kiedy Chruszczow pokonał Berię, albo w 1957 roku, gdy udało mu się odsunąć swoich rywali, Mołotowa i Malenkowa, wojsko było postawione w stan gotowości, ale nie użyto go. Sprawa ataku na siedzibę parlamentu Republiki Rosyjskiej po raz pierwszy wypłynęła w zeznaniach żołnierzy "Alfy", którzy twierdzili, że otrzymali rozkaz zdobycia Białego Domu, ale bohatersko odmówili. Jednak dowódca oddziału, generał Wiktor Karpuchin, stanowczo temu zaprzeczył. Natomiast według Siergieja Stiepaszyna, który został wiceministrem w Ministerstwie Bezpieczeństwa Rosji w styczniu 1992 roku, kierownictwo KGB nie wydało rozkazu ani aresztowania Jelcyna, ani ataku na Biały Dom. - Uwierzcie mi - zapewniał Stiepaszyn w czasie posiedzenia komisji - "Alfa" jest świetnie wyszkoloną jednostką i jej żołnierze nigdy nie odmówiliby wykonania rozkazu, nawet gdyby niektórzy z nas, obecnych na tej sali, bronili Białego Domu. Faktem jest jednak, że po tych wydarzeniach pododdział na pewien okres rozproszono po różnych jednostkach MSW.

Pierwszy skandal wokół jednostki pojawił się w 1991 roku, kiedy to w czasie ataku na wieżę telewizyjną w Wilnie zginął jeden żołnierz. najprawdopodobniej od strzału w głowę oddanego przez jego dowódcę. Przyczyną zajścia miała być odmowa wykonania rozkazu. Cała akcja miała bowiem ścisłe podłoże polityczne a Alfy użyto przeciw kilku tysiącom cywilów broniących dostępu do studia telewizyjnego. 25 żołnierzy Alfy używając granatów ogłuszających, kolb karabinów butów itd. przedarło się jednak do studia telewizyjnego i przerwało nadawanie programu. Pięciu ludzi na zewnątrz powstrzymywało tłum granatami ogłuszającymi a reszta walczyła w środku z ochroną budynku. Ochroniarze używali do powstrzymania atakujących wody z węży strażackich, butelek z benzyną i freonu z systemu przeciwpożarowego. Żołnierze Alfy w czasie całej akcji nie użyli podobno broni palnej. Rano opuścili budynek na pokładach BTR-ów.

W czerwcu 1995 roku na Budionowsk w Kraju Stawropolskim uderzył oddział bojowników czeczeńskich pod dowództwem Szamila Basajewa. Zajął on szpital miejski, gdzie zgromadził ponad tysiąc zakładników. Basajew zażądał zakończenia wojny oraz rozpoczęcia rozmów pokojowych. Decyzję o szturmie na zajęty przez Czeczenów szpital podjął sztab operacji w Budionnowsku, którym kierował minister spraw wewnętrznych, Wiktor Jerin. Żołnierzy z oddziału specjalnego "Alfa" miały wspierać dwie jednostki szybkiego reagowania Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. Jednak pomoc ze strony MSW nie nadeszła i żołnierze "Alfy", którzy próbowali podejść do gmachu szpitala ze trzech stron, znaleźli się w krzyżowym ogniu bojowników Basajewa. Później prasa na podstawie relacji żołnierzy biorących udział w walce pisała, że Czeczeni zostali uprzedzeni o godzinie rozpoczęcia szturmu i otwarli ogień, gdy pierwsi żołnierze "Alfy" znaleźli się w zasięgu ich karabinów. Gdyby zaczęli strzelać kilka minut później, mogli wręcz zaskoczyć cały elitarny oddział, a tak - tylko jego część była w niezwykle trudnej sytuacji. Po walce żołnierze "Alfy" twierdzili, że takiej nawały ognia, nie przeżyli nawet w czasie szturmu na pałac prezydenta Amina w Kabulu. Najbardziej niezwykłe w całej operacji było to, że gdy grupie kilku żołnierzy "Alfy" udało się wreszcie dotrzeć do parteru szpitala - nakazano im odwrót. Nie wiadomo, kto wydał rozkaz wstrzymania szturmu i odbicia zakładników. Nieudana akcja "Alfy" wywołała szerszą dyskusję na temat dalszych losów tego oddziału. Przeważały opinie, że żołnierze zrobili wszystko, co w danym momencie było możliwe do zrobienia. "Alfa" - zdaniem prasy - wykazała się wyjątkową sprawnością, czego nie można było powiedzieć o innych oddziałach specjalnych.

Atak na moskiewski teatr, podczas którego terroryści czeczeńscy wzięli kilkuset zakładników, było odpowiedzią bojowników zabitego przed rokiem w Czeczenii dowódcy polowego Arbiego Barajewa za śmierć ich dowódcy. Odbicie ponad siedmiuset zakładników przetrzymywanych przez czeczeńskich terrorystów przez trzy doby (od 23 października 2002 r.) - w budynku teatru muzycznego zakończyła się pyrrusowym zwycięstwem "Alfy". Rosyjska Federalna Służba Bezpieczeństwa przyznała, że w przygotowaniu operacji wzięły udział siły specjalne z 29 krajów; m.in.: Stanów Zjednoczonych, Wielkiej Brytanii, Niemiec, Włoch, Francji, Japonii i Republiki Południowej Afryki, ale w roli doradczej. Po próbach negocjacji, ktoś na Kremlu nie wytrzymał i dał zielone światło na jakkąkolwiek akcję. Ze względu na zamknięty objekt, zdecydowano się użyć gazów paraliżujących, oficjalnie zabronionych, ale używanych w armii czerwonej. Gazy prawdopodobnie były niewystarczjąco testowane. Na skutek ich użycia przez siły specjalne oraz fatalnego zorganizowania akcji ratunkowej śmierć poniosło także około 300 (130 oficjalnie) zakładników. W trakcie zajmowania teatru zginęli wszyscy z 40 terrorystów, tradycyjnie strzałami w głowę.

1 września 2004, pierwszego dnia roku szkolnego, szkoła w Biesłanie, w Północnej Osetii w Rosji została opanowana przez grupę uzbrojonych napastników należących do sił czeczeńskiego dowódcy polowego Szamila Basajewa. Teren szkoły został otoczony przez wojska armii rosyjskiej i jednostki sił specjalnych. Prowadzono negocjacje z napastnikami, po dwóch dniach, z niewyjaśnionych dotąd przyczyn, nastąpił szturm wojsk rosyjskich. Według rzecznika prasowego władz Osetii Północnej zginęło ok. 400 osób, w tym około 171 dzieci, około dwustu osób uznano za zaginione, a ok. 700 zostało rannych, z czego 450 osób trafiło do szpitali (70 w stanie ciężkim). Zginęło też 32 napastników. Według oświadczenia prezydenta Władimira Putina w ataku zginęło 11 żołnierzy służb specjalnych, a kilkudziesięciu zostało rannych.
Siły specjalne rozpoczęły szturm na szkołę po pierwszych strzałach oddanych przez cywilów do terrorystów, którzy nie zostali odseparowani od szkoły. Dzięki temu kardynalnemu błędowi, wywiązała się długotrwała bezładna strzelanina, podczas której komandosi z oddziałów specjalnych próbowali dostać się do szkoły i umożliwić zakładnikom ucieczkę. Oprócz sił specjalnych w szturmie użyto regularnej armii, oddziałów Ministerstwa Spraw Wewnętrznych oraz wojskowych śmigłowców (w tym Mi-24 i Mi-8) i przynajmniej jednego czołgu. Do walki włączyło się również wielu miejscowych cywili. Bardzo prawdopodobne jest, że przynajmniej niektórzy z zabitych zginęli przypadkiem od strzałów własnych oddziałów. Podczas operacji zginęło 11 żołnierzy oddziałów specjalnych "Alfa" i "Wympieł", w tym dowódca "Alfy", a 30 żołnierzy zostało rannych.

Alfa jest jednym z wielu paramilitarnych służb specjalnych, jak się okazuje nie do końca udanych. Miał być to eksperyment KGB zaimportowania zachodniej myśli antyterrorystycznej, jednak na rosyjskim gruncie jest już zbyt wiele oddziałów specjalnych, które gubią się w kompetencjach i hierarchii, czego efektem są nieudane, wręcz spaprane akcje specjalne.