17 września 1939 roku wojska sowieckie - wypełniając postanowienia paktu Ribbentrop-Mołotow - dokonały agresji na Rzeczpospolitą, nie wypowiadając wojny i gwałcąc międzynarodowe umowy, co było między innymi konsekwencją słabego wywiadu wojskowego, prowadzenia niespójnej polityki zagranicznej Polski i braku scenariusza na wypadek ataku z obu stron jednocześnie, naszych dawnych zaborców: Rosji i Niemiec.

Do obrony przystąpiły oddziały Korpusu Obrony Pogranicza dowodzone przez gen. Wilhelma Orlik-Rückemanna przez kilkanaście dni tocząc potyczki i bitwy z Sowietami, m.in. pod Wytycznem i Szackiem. Przez dwa dni broniło się Wilno i Grodno, gdzie nielicznych żołnierzy wspierali mieszkańcy, uczniowie i harcerze. Na południu pod Samborem walczyła kawaleria płk. Władysława Andersa, a w okolicach Janowa Lubelskiego broniły się oddziały płk. Tadeusza Zieleniewskiego. Jako ostatni opór najeźdźcom stawili żołnierze Samodzielnej Grupy Operacyjnej "Polesie", gen. Franciszka Kleeberga 4 października 1939 roku. Tymczasem 28 września w Moskwie podpisano sowiecko-niemiecki traktat o przyjaźni i granicach wytyczający linię demarkacyjną między obu agresorami wzdłuż Narwi, Bugu po San. Obie strony zobowiązywały się do zwalczania polskich dążeń niepodległościowych, co realizowano już od pierwszych chwil sowieckiej okupacji. Rozstrzeliwano wziętych do niewoli żołnierzy KOP i WP, (m.in. gen. Józefa Olszynę-Wilczyńskiego zastrzelonego przez napotkany sowiecki oddział). Do rangi symbolu urasta wspólna defilada przyjmowana w Brześciu przez generała Heinza Guderiana i sowieckiego dowódcę brygady Siemiona Kriwoszeina 28 września 1939 roku. Ogółem do niewoli wzięto 250 tys. oficerów i żołnierzy, a po 17 września pod sowiecką okupacją znalazła się połowa obszaru II Rzeczpospolitej (200 tys. km kwadratowych) z 13.5 mln mieszkańców. 26 października 1939 roku Moskwa przekazała Wilno, Litwie gdzie już 1 i 11 listopada doszło do wielotysięcznych patriotycznych manifestacji stłumionych brutalnie przez Litwinów. 15 czerwca 1940 roku Wilno ponownie zajęli Sowieci.



Na okupowanych ziemiach Moskwa w bezwzględny sposób realizowała politykę sowietyzacji i depolonizacji. Służyła temu również zmasowana akcja propagandowa. W działania te włączyła się, kolaborująca z okupantem, komunizująca inteligencja, publikując m.in. w polskojęzycznym "Czerwonym Sztandarze", "Nowych Widnokręgach", "Prawdzie Wileńskiej". 22 października 1939 roku, w atmosferze powszechnego zastraszenia i terroru przeprowadzono tzw. "wybory" do Zgromadzeń Ludowych Zachodniej Ukrainy i Białorusi.W ten sposób Stalin usankcjonował swą agresję na Rzeczpospolitą, co nastąpiło wcieleniem okupowanych ziem do Związku Sowieckiego na początku listopada 1939. Zamknięto kościoły, klasztory, kaplice, zrujnowano biblioteki, archiwa, zrabowano muzea, dwory. Przejęto banki, fabryki, majątki, wymieniono pieniądze. W szkołach i na uczelniach wprowadzono sowiecki programy nauczania, usunięto polskie nazwy ulic i miast. Fizycznej eksterminacji poddano wszystkie grupy ludności mogące być ostoją polskości. Wiosną 1940 roku z rozkazu Stalina zamordowano prawie 22 tysiące polskich oficerów WP, policjantów, żołnierzy KOP-u: m.in. w Katyniu - 4,5 tys., w Charkowie - 4 tys., w Twerze - 6,5 tys. Zbrodnia ta, której celem była likwidacja polskiej elity, była skoordynowana z podobnymi działaniami niemieckimi (m.in. rozstrzeliwania w Palmirach). Jednocześnie rozpoczęto deportacje polskiej ludności w głąb Związku Sowieckiego (10 II 1940, 13-14 IV 1940, 29-30 VI 1941). Łącznie wywieziono od 800 tys. do 1,2 mln obywateli II Rzeczpospolitej. Liczbę ofiar szacuje się na kilkaset tysięcy. Ci, którzy przeżyli pozostawili przejmujące świadectwa swych losów, spisane w licznych pamiętnikach, wierszach. Najsłynniejszymi literackimi dziełami o tej tematyce są m.in. "Inny świat", Gustawa Herlinga-Grudzińskiego, "Z domu niewoli", Beaty Obertyńskiej, czy "Na nieludzkiej ziemi" Józefa Czapskiego. Część więzionych została zwolniona na mocy porozumienia Sikorski-Majski podpisanego w lipcu 1941 opuściła Związek Sowiecki z armią gen. W. Andersa, kolejna grupa wyszła z wojskiem Berlinga, a liczni dopiero w wyniku tzw. repatriacji w latach 1955-57. Najliczniejsza grupa, około kilkaset tysięcy osób, pozostało na zawsze w bezimiennych mogiłach na nieludzkiej ziem. 22 czerwca 1941 roku wojska niemieckie zaatakowały Związek Sowiecki - swego dotychczasowego sojusznika - z którym we wrześniu 1939 dokonały agresji na Polskę. Znajdujące się dotychczas pod sowiecką okupacją wschodnie tereny Rzeczpospolitej przeszły pod panowanie niemieckie. Celem ostatecznym Rzeszy było skolonizowanie tych terenów przez ludność niemiecką. Służyła temu polityka eksterminacji oraz ekonomicznej eksploatacji okupowanych ziem. Zlikwidowano polskie szkolnictwo, eksterminacji poddano inteligencję oraz duchowieństwo. Aresztowano wielu księży i zakonników (m.in. w Wilnie wszystkich seminarzystów), wśród nich wileńskiego abpa ks. Romualda Jałbrzykowskiego. Wkraczające wojska Wehrmachtu dokonywały licznych egzekucji. W nocy z 3 na 4 lipca 1941 we Lwowie aresztowano 21 profesorów z rodzinami, których następnie rozstrzelano na Wzgórzach Wuleckich. Egzekucje były kontynuowane w następnych tygodniach, jako część akcji "AB" (likwidacji polskiej inteligencji). Pod Lwowem miejscem masowych mordów niemieckich był Las Lesienicki, gdzie zginęło około 200 tys. osób, głównie Żydów, którzy podobnie jak na innych okupowanych terenach, przeznaczono w pierwszej kolejności do całkowitego unicestwienia. Na Wileńszczyźnie w Ponarach rozstrzelano około 70 tys. Żydów i 20 tys. Polaków. Chcąc zapewnić sobie utrzymanie pod pełną kontrolą okupowanych terenów, Niemcy wykorzystali i podsycali istniejące antagonizmy narodowościowe pomiędzy Polakami, a Ukraińcami czy Litwinami. Licząc na polityczne korzyści, część z nich podjęła współpracę z okupantem. Np. z ukraińskich ochotników utworzono, słynącą z okrucieństwa 14 Dywizję SS Galizien, a z ochotników litewskich oddział Ypatingas Burys (zwany pogardliwie "strzelcami ponarskimi") noszący mundury SS i wykonujący egzekucje. Z kolei litewską policję bezpieczeństwa Saugumę włączono do gestapo. Już w 1939 roku rozpoczęły się antypolskie wystąpienia ukraińskich nacjonalistów, dążących do utworzenia, niepodległej, zjednoczonej Ukrainy zamieszkałej wyłącznie przez naród ukraiński. Temu celowi służyła starannie zaplanowana i przygotowana akcja "oczyszczania", czyli biologicznego wyniszczenia ludności polskiej. Zbiorowe mordy rozpoczęły się w lutym 1943 roku, a ich apogeum przypadło na lipiec tego roku. Tylko 11 i 12 lipca Ukraińcy zamordowali ok. 4500 Polaków. W następnych dniach akcja ludobójstwa objęła cały Wołyń. Najczęściej oddziały ukraińskie, nad ranem otaczały wioski i przystępowały do zabijania wszystkich mieszkańców osad, bez względu na płeć i wiek stosując przy tym najbardziej barbarzyńskie oraz okrutne tortury. Grabili dobytek, a zabudowania palili. Ogółem w latach 1939-1945 liczbę Polaków zamordowanych przez Ukraińców szacuje się na 50-60 tys.

Mimo sowieckiego, a później niemieckiego terroru i licznych represji na wschodnich terenach Rzeczpospolitej nieprzerwanie działały struktury Polskiego Państwa Podziemnego. Większość z nich miało charakter wojskowy, wiele tworzyli harcerze, uczniowie. Na Wieleńszczyźnie utworzono m.in. Związek Bojowników Niepodległości, we Lwowie "Wierni Polsce" - Konwent Organizacji Niepodległościowych, Harcerską Organizację Niepodległościowo-Wojskową, która objęła całą Galicję wschodnią i Wołyń czy Polską Organizację Walki o Wolność. W styczniu 1940 w Czortkowie doszło do próby opanowania miasta udaremnionego przez sowieckie wojska. Organizacje które przetrwały aresztowania NKWD, podporządkowały się strukturom Służby Zwycięstwu Polski, a później Związkowi Walki Zbrojnej, a następnie (już pod niemiecką okupacją) Armii Krajowej czy Szarych Szeregów. Tworzono również konspirację cywilną oraz formacje (m.in. Narodową Organizację Wojskową) ogólnopolskich partii politycznych. We wrześniu 1941 roku Komenda Główna ZWZ utworzyła organizację dywersyjno-sabotażową "Wachlarz", której celem było prowadzenie akcji bojowej na wschodnich ziemiach Rzeczpospolitej i na zachodnich terenach Związku Sowieckiego. Głównym zadaniem "Wachlarza" miała być osłona od wschodu przyszłego powstania powszechnego w kraju, czyli przeprowadzenie zbrojnej dywersji - zniszczenia linii komunikacyjnych - w jednym danym dniu o określonej godzinie na całym terenie. "Wachlarz" liczył prawie tysiąc członków w tym 26 cichociemnych. Jego żołnierze wykonali ponad 20 udanych akcji bojowych. m.in. wykolejenie kilkunastu pociągów kolejowych oraz rozbicie więzienia w Pińsku, którą to akcją dowodził legendarny "Ponury", kpt. Jan Piwnik. Na początku 1943 roku "Wachlarz" rozwiązano, a jego struktury włączono do Kierownictwa Dywersji - Kedywu AK, na wschodnich terenach. W nocy z 3 na 4 stycznia 1944 roku oddziały armii sowieckiej, przekroczyły wschodnią granicę Rzeczypospolitej na Wołyniu na wschód od Równego i Sarn, ponownie zajmując wschodnie ziemie Rzeczpospolitej. W takiej sytuacji 15 stycznia 1944 roku komendant Okręgu Wołyń AK płk Kazimierz Bąbiński "Luboń" wydał rozkaz mobilizacji dla zakonspirowanych żołnierzy podległego mu terenu formując struktury 27 Dywizji Piechoty AK nazwanej Wołyńską i liczącą 7 tys. żołnierzy. Do lipca 1944 roku wykonując plan "Burza" walczyła w ciężkich bojach z cofającą się armią niemiecką na Wołyniu, Polesiu i Lubelszczyźnie, gdzie została rozwiązana przez Sowietów. Część żołnierzy uwięziono na Zamku w Lublinie i wywieziono do Związku Sowieckiego, a innych przymusowo wcielono do armii Berlinga. Już wcześniej oddziały polskie były napadane przez sowiecką partyzantkę i mordowane (m.in. w Puszczy Nalibockiej), a ich dowódców denuncjowano Niemcom. W nocy z 6 na 7 lipca 1944 roku oddziały partyzanckie Okręgu Wileńskiego i Nowogródzkiego AK pod dowództwem płk. Aleksandra Krzyżanowskiego "Wilka" rozpoczęły walki o wyzwolenie Wilna. Celem operacji "Ostra Brama" było zajęcie miasta przez polskie wojsko przed wkroczeniem Armii Czerwonej i wystąpienie wobec niej w roli gospodarza tych ziem. Po walkach władze sowieckie nakazały polskim oddziałom opuszczenie miasta. "Wilk" i jego oficerowie zostali podstępnie aresztowani, a większość żołnierzy zesłano do łagrów w głębi Rosji. Część oddziałów AK udało się przedostać na Białostocczyznę i Pomorze, ci którzy pozostali toczyli do końca walkę o polskie Kresy, tak jak ppłk Maciej Kalenkiewicz "Kotwicz", który zginął w walce z Sowietami pod Surkontami 21 sierpnia 1944 roku. Podobny los spotkał przedstawicieli Polskiego Państwa Podziemnego we Lwowie, zajętym przez oddziały AK i wojska sowieckie 27 lipca 1944 roku. Sowieci zażądali złożenia broni i rozwiązania wszystkich akowskich jednostek a komendant Lwowskiego Obszaru AK płk Władysław Filipkowski i jego oficerowie zostali podstępnie uwięzieni przez NKWD, a żołnierze, którzy odmówili wstąpienia do armii Berlinga zostali aresztowani i zesłani do łagrów w Związku Sowieckim.

W lutym 1945 roku w Jałcie mocarstwa zachodnie oddały Związkowi Sowieckiemu wschodnie tereny Rzeczpospolitej, zajęte po 17 września 1939 roku przez Armię Czerwoną, pozbawiając miliony Polaków swej ojczyzny i tym samym uznając haniebny układ Ribbentrop-Mołotow za obowiązujący.