Tuż przed północą 8 października 1939 roku, o godzinie 23.30, z bazy morskiej w Kilonii wyszedł dowodzony przez Kapitana Gunthera Priena okręt podwodny U-47. U-Boot ten ruszył przez Kanał Kiloński na Morze Północne. Miał do wykonania wyjątkowo ważne i propagandowe zadanie - wedrzeć się do brytyjskiej bazy Scapa Flow na Orkadach i zatopić napotkane tam duże okręty przeciwnika. Była to misja niezwykle trudna, liczono się z utratą okrętu więc przed wyjściem z bazy zdano z niego wszystkie tajne urządzenia, które nie powinny dostać się w ręce Brytyjczyków.

Pomysł zaatakowania Scapa Flow narodził się w dowództwie niemieckich sił podwodnych bezpośrednio po wybuchu wojny, kiedy lotnictwo uzyskało możliwość przeprowadzania rozpoznania fotograficznego nad Orkadami. Podkreślić należy jednak, że sama idea przedarcia się do Scapa Flow nie była pomysłem nowym. W czasie I wojny światowej niemiecki U-boot dwukrotnie usiłowały tego dokonać, jednak nie udało się im. Już w pierwszych dniach września 1939 roku Donitz zażądał od sekcji wywiadu wszystkich dostępnych danych dotyczących Scapa Flow wraz z prognozą dotyczącą środków obronnych możliwych do wprowadzenia przez Brytyjczyków. Oprócz tego zadanie wstępnego rozpoznania rejonu i zebrania dodatkowych danych otrzymał okręt podwodny U-16.



Pierwsze zdjęcia lotnicze Donitz otrzymał 11 września, poza kilkoma ciężkimi jednostkami ukazywały one system zagród sieciowych w cieśninie Hoxa oraz tarasujące tory wodne bariery z wraków w wejściach wschodnim i zachodnim. Dane dostarczone przez lotnictwo potwierdził dowódca U-16, który stwierdził że pokonanie wejścia głównego (cieśniny Hoxa) możliwe jest tylko przy przypadkowo otwartej zagrodzie. U-16 dostarczył równocześnie wielu cennych informacji o prądach występujących w obrębie archipelagu, rozmieszczonych tam urządzeniach nawigacyjnych. Szczególnie ważne były informacje o prądach morskich, których prędkość dochodziła do 10 węzłów, w związku z czym stanowić mogły przeszkodę nie do pokonania dla U-boota, który w położeniu podwodnym zdolny był osiągnąć 8 węzłów i to na bardzo krótki okres czasu.
Dalszych szczegółowych danych o Scapa Flow dostarczyły zdjęcia lotnicze, w czasie ich analiz stwierdzono, że o ile główne wejście i wejście zachodnie uznać należy za całkowicie niedostępne, o tyle wejście wschodnie miało słaby punkt. Okazało się bowiem, że między wrakami blokującymi cieśninę Kirk znajduje się luka o szerokości 17 metrów, głębokość w tamtym miejscu wynosiła 7 metrów, zaś brzegi były niezamieszkałe co stwarzało szansę jej skrytego sforsowania nocą w położeniu nawodnym. Po analizie tabeli pływów okazało się, że warunki najbardziej sprzyjające planowanemu przedsięwzięciu panować będą na Orkadach w okresie 12-14 października.

Na wykonanie akcji wybrano Gunthera Priena, dowódcę U-47. Propozycję akcji przeciwko Scapa Flow Donitz przedstawił mu w niedzielę 1 października, jasno stwierdzając że potrzebuje ochotnika. Odpowiedź Donitz otrzymał 2 października, ochotnik znalazł się. U-47 wyruszył 8 października z Kilonii, bez przeciwdziałania ze strony przeciwnika pokonał Morze Północne i w piątek, 13 października, osiągnął rejon Scapa Flow. 12 października Prien otrzymał wiadomość że w bazie znajdują się dwa ciężkie okręty.

Owo opróżnienie sprowokowali sami Niemcy, wysyłając 8 października w morze pancernik Gneisenau i krążownik lekki Koln. Oba okręty udały się na Morze Północne, a ich zadaniem było sprowokowanie Aliantów do formowania na tym akwenie konwojów, oraz wyciągnięcie ciężkich okrętów brytyjskich w zasięg Luftwaffe. Po wykryciu 8 października Home Fleet wysłała okręty w celu przechwycenia wroga, który w nocy 9-10 października wycofał się do baz. Kiedy Brytyjczycy zaprzestali poszukiwań pancerniki Nelson i Rodney, krążowniki liniowe Hood i Repulse i lotniskowiec Furious skierowano nie do Scapa Flow a do Loch Ewe w Szkocji. Na Orkady powrócił jedynie pancernik Royal Oak, gdzie dołączył do okrętu-bazy Pegasus. Lot rozpoznawczy z 12 października dowództwo brytyjskie zinterpretowało jako zapowiedź nalotu, w związku z czym podtrzymano decyzję o czasowym postoju okrętów w Loch Ewe.
Wykorzystując wczesny jesienny zmierzch Prien wyszedł na powierzchnię o godzinie 19.15 i rozpoczął zbliżanie się do cieśniny Kirk. Manewrowanie zostało tak skalkulowane w czasie by barierę wraków osiągnąć przy wysokiej wodzie. Śmiałemu zamiarowi dowódcy U-47 sprzyjały warunki naturalne. Niebo było bezchmurne i rozświecone zorzą polarną. O godzinie 22.00 na Orkadach włączyły się na 30 minut światła nawigacyjne (Prien wiedział o tym dzieki rozpoznaniu U-16), co umożliwiło dokładnie określenie pozycji okrętu. O godzinie 23.07 wykryto statek handlowy, U-47 zanurzył się. Wynurzenie nastąpiło o 23.31, po czym U-boot ruszył dalej. W ciemnościach Prien pomylił trasę i skierował się w stronę cieśniny Skerry, ostatecznie jednak zorientował się i naprawił swój błąd i skierował się w cieśninę Kirka. Ignorując sugestie Donitza Prien skierował się w centralną część cieśniny, gdzie na zdjęciach lotniczych wypatrzył szeroką lukę pomiędzy wrakami. Dysponując jednynie 13 metrami przestrzeni pomiędzy burtami własnego okrętu, a wrakami U-47 przeszedł ocierając się o jedną z lin łączących kadłuby zatopionych statków z lądem. Prien zapisał w dzienniku okrętowym "Wir sind in Scapa Flow" (Jesteśmy w Scapa Flow), była godzina 00.27.

Prien i jego pierwszy oficer obserwowali kotwicowisko, pierwsze rezultaty były nad wyraz frustrujące, nie dostrzeżono żadnej wrogiej jednostki, a manewrujący w pobliżu okręt został oświetlony przez jadący drogą samochód. Na szczęście kierowca nie dostrzegł U-boota. U-47 skierował się na północ, gdzie wykryto dwa okręty, które zostały zidentyfikowane jako Royal Oak i Repulse (w rzeczywistości Pegasus). Odległość od U-boota wynosiła ok. 3200 metrów, Prien postanowił wystrzelić po dwie torpedy do każdego celu. O godzinie 00.55 padła komenda "Torpedo loss !", ale wyrzutnie opuściły tylko trzy torpedy. Torpeda w wyrzutni numer 4 (przeznaczona dla Pegasusa) zaklinowała się. W tym czasie z trzech pocisków jeden trafił w Royal Oak. Kiedy torpedyści ładowali wyrzutnie dziobowe i próbowali usunąć zaklinowaną torpedę, Prien odwrócił okręt i wystrzelił torpedę z wyrzutni rufowej celując w Royal Oak. Minęła ona cel.

Dowódca U-boota był zaskoczony tym, że pierwsza eksplozja nie spowodowała alarmu w bazie. U-47, pracując na "cichym" elektrycznym napędzie ponownie ustawił się do strzału z wyrzutni dziobowych. O godzinie 1.22 trzy torpedy opuściły wyrzutnie, po trzech minutach trafiły w Royal Oak. Okręt zaczął się przechylać i o 1.29 przewrócił się i zatonął. Wraz z nim zginęło 833 członków załogi. Tym razem Brytyjczycy podnieśli alarm, a U-47 rozpoczął odwrót. Tym razem Prien wykorzystał z drogi zalecanej przez Donitza i przeszedł szczeliną w pobliżu brzegu. O 2.15 U-boot ponownie znalazł się na otwartym morzu.
Po utracie Royal Oak Admiralicja zakazała okrętom Home Fleet korzystania ze Scapa Flow. Do czasu rozbudowy infrastruktury obronnej rolę bazy głównej pełniła Loch Ewe, zaś krążowniki patrolujące Drogę Północną operowały w oparciu o tymczasową bazę Sullom Voe na Szetlandach. Tym samym zrealizowany został jeden z celów Donitza. Od min postawionych na podejściach do alterantywnych baz uszkodzeń doznał pancernik Nelson i krążownik Belfast. Ponadto Niemcy przekonani że uszkodzony Repulse zmierza do najbliższej stoczni, czyli do Rosyth, zaatakowali miasto siłami Luftwaffe trafiając krążownik Southampton.